Entiendase la "S" como "Super".
En está serie conocemos por primera vez a  las Outer Scouts: Sailor Neptune, Sailor Uranus, Sailor Saturn y Sailor Pluto (quien ya había aparecido brevemente en SMR).
   Al concluir Sailor Moon R, Rini regresó a su hogar en el futuro Tokio de cristal y las chicas continuaron con su vida normal, preparándose para su examen de admisión a la preparatoria.
   Pero una noche Rei tiene un extraño sueño: la ciudad está en tinieblas y la oscuridad se aproxima destruyendo todo a su paso, Rei se aflige y más al ver a sus amigas convertidas en piedra, y cuando la oscuridad llega a ellas las quiebra en mil pedazos ante sus incrédulos ojos y luego el mundo terminará.  Al día siguiente Rei se siente muy confundida, no sabe si ese sueño fue una premonición de algo maligno, mucho menos imagina que ese día aparecerá un nuevo enemigo: Los Cazadores de la Muerte.  El nuevo enemigo busca los 3 talismanes, que están ocultos en los corazones puros de las personas. La primera víctima es precisamente Rei, afortunadamente no posee uno de los talismanes y su corazón puro regresa, pero hay dos nuevas Sailor Scouts que vigilan y que también buscan los  talismanes.
   Al reunir los tres talismanes, aparecerá la Copa Lunar que podrá salvar al mundo del Silencio que se aproxima. El enemigo trata de despertar al enviado del mal y si la copa lunar cae en sus manos todo estará perdido.

   Días después  Mina y Serena comenzaron a espiar a un "muchacho muy guapo" hasta seguirlo a los videojuegos y encontrarlo con una atractiva joven que les reveló ser su amiga y les dijo que a quien perseguían era en realidad una mujer, aunque se  vestía como hombre; ambas chicas son estudiantes del Colegio Mugen, sus  nombres son Haruka y Michiru.  En realidad tienen una identidad secreta, ya que son dos nuevas Sailor Scouts con la misión de reunir los talismanes y encontrar al enviado del bien. Son Sailor Scouts del espacio solar exterior, son Sailor Uranus y Sailor Neptune.
   El profesor Tomoe es la cabeza de los Cazadores de la Muerte, para él trabajan Kaolinet y las "5 Brujas". El profesor Tomoe tiene una única hija, Hotaru. Dentro de ella viven dos seres completamente distintos, el enviado del Mal y también Sailor Saturn, la sailor de la destrucción.
   Más adelante aparece nuevamente Rini, que viene a entrenar como Sailor scout al siglo XX. Entonces conoce a una extraña niña, Hotaru y a partir de ahí surge una gran amistad. Ahora las Sailor Scouts seguirán protegiendo a las personas inocentes a las que les es robado su corazón puro; pero siempre aparecen Sailor Uranus y Neptune para cerciorarse de que el corazón puro de la víctima no tenga algún talismán que buscan. De ser así, es regresado a su dueño, pero si tiene un talismán, esa vida tendrá que ser sacrificada.
   La primera enemiga que entra en acción es Kaolinet, la mano derecha del profesor Tomoe, al ser derrotada es sustituida por el grupo de las 5 brujas, iniciando con Iuyal, quien obtuvo buenos logros en la misión antes de ser traicionada, luego vienen Mimet, Telu, Viluy y Ciprin. Cada una tiene una forma diferente de trabajar pero un mismo propósito, encontrar corazones puros para el despertar del enviado, así como obtener la copa lunar.
    Iuyal es quien logra descubrir a los dueños de los tres talismanes, éstos se encuentran en  Sailor Uranus (talismán espada), Sailor Neptune (talismán espejo) y Sailor Pluto (talismán granate). Los tres tienen formas diferentes y al unirlos aparece la Copa Lunar, la vida de las scouts no es sacrificada, ya que sus corazones puros regresan y ahora deberán encontrar al enviado del bien, quien debe proteger la Copa Lunar. Iuyal trata de apoderarse de la copa, pero Sailor Moon se lo impide, ahora con la Copa Lunar Sailor Moon se transformará en Super Sailor Moon y debe cuidar de ésta mientras Sailor Uranus, Neptune y Pluto encuentran al verdadero enviado del bien. Después de ésta batalla Iuyal perece en su auto y Mimete es la encargada de encontrar el verdadero corazón puro para que el enviado del mal aparezca.
    Darien logra investigar por los diarios, el escondite del enemigo así como el pasado del profesor Tomoe.
  El profesor era un exitoso investigador cuando todo se originó, él estaba con su hija Hotaru (de 5 años) y varios asistentes en su laboratorio, cuando un malvado demonio apareció haciendo que el edificio estallará. Todos murieron, excepto Tomoe, quien lloraba la pérdida de su pequeña Hotaru, entonces el demonio Guermatoid del sistema Taud le ofreció revivir a su hija a cambio de que sus cuerpos sirvieran para el mal. El profesor permitió ser poseído por Guermatoid para salvar a Hotaru, pero también en ella viviría el enviado del mal desde ese día.
   Finalmente los Cazadores de la Muerte desaparecen de la residencia en que operaban al ser casi descubiertos, luego Kaolinet -quien fue revivida-, captura a Rini y es su corazón puro el que necesitan para lograr su fin, así que ella es llevada por Kaolinet al  Colegio Mugen, ante Hotaru y el profesor Tomoe. El colegio sólo era un disfraz para el escondite de los Cazadores de la Muerte, ahí tiene lugar el ritual del despertar del enviado del mal. Las Sailor Scouts logran entrar y miran desde afuera de un campo de energía como le es arrancado el corazón puro a Rini y con él se alimenta a Hotaru, quién de inmediato se transforma en  la malvada Dama 9 (Mistress 9).
Kaolinet es exterminada por la Dama 9, el silencio ha llegado y Tomoe y Dama 9 desaparecen mientras el Colegio Mugen se derrumba. Las Sailor Scouts han logrado salir del lugar. Ahora Sailor Uranus y Neptune, sin ayuda de Sailor Pluto - quien murió en un accidente aéreo-, quieren exterminar al enviado del mal, pero Sailor Moon se resiste porque entonces Hotaru también morirá. 
  Dentro del cuerpo de Hotaru, ella  trata de luchar para exterminar a la Dama 9 quien la posee y finalmente lo logra, entonces aparece como Sailor Saturn. Ella sola tratará de vencer al Faraón 90 en otra dimensión, ya que él es quién originó todo; pero si usa al máximo sus poderes morirá. Super Sailor Moon también se transporta a la dimensión donde la pelea ocurre y luego aparece muy lastimada con un bebé en brazos, que no es otra sino Hotaru, quién ha renacido luego de la cruel pelea.
Haruka y Michiru se encargan de cuidar al bebé, mientras el Sr. Tomoe se recupera en una clínica. Luego de que Guermatoid abandonara su cuerpo, sus recuerdos también  han desaparecido, una nueva vida comenzará para él; cuando Michiru y Haruka le entregan a su hija, ellas desaparecen de la ciudad, no sin antes comprobar que Sailor Moon es su princesa y el enviado del bien, y lo hacen retándola a una batalla.
  Rini  extraña a Hotaru, pero sabe que su amiga vivirá una vida normal al lado de su padre.